Добро на смену бренда дал Российский футбольный союз. В качестве стимула для завоевания новых побед под маркой знаменитого ставропольского клуба глава Ставрополья Владимир Владимиров подарил футболистам мяч, подписанный советскими легендарными игроками команды «Динамо-Ставрополь».

Самой значительной победой в истории ставропольского «Динамо» является завоевание звания чемпионов РСФСР в 1949 году. Команда также становилась обладателем кубка РСФСР 1983 года среди клубов второй лиги.

С 1962 по 2008 год (за исключением 2005 года) ставропольское «Динамо» регулярно участвовало в различных турнирах первенств СССР и России. В 2004 году команда завоевала путёвку в первый дивизион. Однако в январе 2005 года в связи с финансовыми проблемами клуб был лишён профессионального статуса и места в первом дивизионе. 

В 2013 году клуб играл в любительский футбол. Теперь он будет выступать во втором дивизионе зоны Юг.